大家一起殲滅了皮下真率領的犯罪組織「蒲公英」，「夜櫻前線」順利成功，接著還一併舉辦了太陽與六美的婚宴，夜櫻家迎來了安穩的日常生活……
然而卻冒出了新任務？
某天，太陽在夢中與夜櫻家初代當家夜櫻蕾進行對話。她表示為了達成「殺了我」的這個願望，有兩個不可或缺的事物。聽從蕾說的話，為了接觸掌握關鍵的皮下，太陽要挑戰銀級特務考試，但是有傳言指「今年不會有任何人合格」，最兇狠的考官們正在等著他！
然後露出無畏笑容，六美她們的父親夜櫻百終於動了起來，身上帶有重重謎團的他，究竟有何目的？
各式各樣的事件降臨在夜櫻家！
家人之間的關係遭受考驗！
電視動畫『夜櫻家大作戰』的新章，作戰開始！
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